Hồ Malawi được hình thành cách đây vài triệu năm và mực nước đã dao động rất lớn qua hàng thiên niên kỷ.[4] Điều này đã tạo ra những chỗ thích hợp có sẵn cho các loài cá hoàng đế và nhiều loài khác sống trong hồ đã thích nghi với môi trường sống, như là một phần của bức xạ tiến hóa của một loài, tương tự như sự thích nghi của Chim sẻ trên Quần đảo Galápagos mà Charles Darwin đã quan sát được. Hầu hết các loài trong số 350 loài là đặc hữu, sống trong phạm vi hẹp, chỉ vài trăm mét so với bờ hồ. Nhiều loài trong số đó thậm chí còn chưa được khoa học mô tả.[5]

Vườn quốc gia này còn là nhà của nhiều loài động vật có vú gồm Khỉ đầu chó Chacma, Khỉ Vervet, Hà mã, Báo châu Phi, Linh dương hoẵng, Linh dương Kudu lớn, Linh dương Klipspringer, Linh dương bụi rậm và một số loài khác như Cá sấu sông Nin, Đại bàng cá châu Phi, Cốc ngực trắng, Bồng chanh, Hồng hoàng, Trảu...[6]